2026

L’obésité est associée à d’importantes altérations du microbiote intestinal, mais les mécanismes à l’origine de cette dysbiose restent encore mal compris. Pour essayer de répondre à cette question, les chercheurs de l’UMR MEDIS (Université Clermont Auvergne et INRAe), en collaboration avec le CHU de Clermont-Ferrand, ont développé Ob-M-ARCOL (Obese Mucosal ARtificial COLon), un modèle in vitro reproduisant les principaux paramètres nutritionnels, physicochimiques et microbiens de l’environnement colique de personnes obèses. Ces travaux ont été réalisés dans le cadre des projets PSPC RESTORBIOME et NUTRITIOUS, financés notamment par la région Auvergne Rhône Aples et BPI France. Les résultats, publiés dans la revue Gut Microbes, montrent que l’exposition d’un microbiote provenant de donneurs sains à l’environnement colique spécifique de la personne obèse suffit à induire des perturbations du microbiote caractéristiques de la pathologie. À l’inverse, l’exposition de microbiotes issus de personnes obèses à des conditions reproduisant un environnement colique sain favorise la restauration partielle de certaines populations bactériennes considérées comme bénéfiques. Ces travaux mettent ainsi en évidence le rôle majeur de l’environnement nutritionnel et physicochimique dans la structuration du microbiote intestinal. Le modèle Ob-M-ARCOL constitue une nouvelle plateforme préclinique permettant d’étudier les mécanismes impliqués dans la dysbiose du microbiote intestinal associée à l’obésité et d’évaluer des stratégies visant à restaurer les équilibres microbiens.

Le diabète de type 2 et l’obésité constituent des enjeux majeurs de santé publique, notamment en raison de leurs complications cardiométaboliques et hépatiques. La dysbiose du microbiote intestinal, caractéristique de ces pathologies, représente une cible potentielle pour de nouvelles stratégies thérapeutiques. Dans ce contexte, nous avons développé une approche visant à identifier de nouvelles souches bactériennes à potentiel antidiabétique. Le criblage fonctionnel de souches probiotiques conventionnelles et l’exploration d’espèces commensales identifiées par méta-analyse nous ont conduits à sélectionner Bacteroides faecichinchillae (BAfa) et à évaluer son activité chez des souris soumises à un régime riche en graisses et en sucres (HFS). Quatre semaines d’administration orale de BAfa vivante ont amélioré la tolérance au glucose, l’hyperinsulinémie à jeun et l’accumulation de triglycérides hépatiques. Ces effets étaient associés à une diminution de l’accumulation hépatique de céramides, ainsi qu’à des modifications du profil des acides biliaires intestinaux et de la voie FXR-FGF15 dans l’iléon. BAfa a également modifié la composition du microbiote intestinal, favorisant plusieurs espèces associées à des effets métaboliques bénéfiques. Ces résultats mettent en évidence le potentiel de B. faecichinchillae comme probiotique de nouvelle génération pour cibler les altérations métaboliques associées au diabète de type 2

Dans le cadre du réseau européen COST INFOGUT (CA23110), l’unité MEDIS (UMR454 Université Clermont Auvergne – INRAE) organise en collaboration avec le laboratoire CMET de l’Université de Gand en Belgique (partenaire privilégié de MEDIS dans le cadre du laboratoire international associé HOMIGUT), les 30 septembre et 1er octobre 2026 une training school portant sur les modèles in vitro dynamiques de l’environnement digestif humain. La formation se tiendra au sein de l’unité MEDIS, sur le site des Facultés de Médecine et de Pharmacie de Clermont-Ferrand. Elle réunira une vingtaine de jeunes chercheurs de plus de 15 pays différents et plus d’une centaine d’autres pourront suivre l’évènement en ligne. Des spécialistes internationaux du microbiote intestinal et des modèles in vitro de l’environnement digestif rejoindront également le personnel de MEDIS (14 personnes seront mobilisées pour la formation) pour assurer une formation aussi pertinente et pluridisciplinaire que possible. Les matinées seront dédiées à des présentations autour des modèles in vitro intégrant le microbiote, notamment au niveau de l’intestin grêle, en situation physiologique comme pathologique, avec un focus sur les différentes populations composant ce microbiote (bactéries, archées, champignons). Les après-midis seront dédiées à des sessions pratiques autour des modèles comme le TIM, ESIN, ARCOL, ARILE, SHIME ou encore les minibioréacteurs de l’unité

L'UMR454 MEDIS vient de publier une nouvelle étude dans le journal "Current Research in Microbial Sciences" qui démontre l'existence de capacités métaboliques différentielles entre souches d'Escherichia coli isolées d'individus sains ou atteints de la maladie de Crohn. En particulier, les souches issues de patients Crohn sont capables de consommer l'énantiomère D de l'acide aminé sérine grâce à un réarrangement génétique dans leur chromosome. Cette fonction leur confère un avantage nutritionnel compétitif vis-à-vis d'autres souches du microbiote intestinal et pourrait ainsi contribuer à la prolifération de cette espèce bactérienne dans le tractus digestif des patients, un phénomène associé au développement de la pathologie.

Les antibiotiques peuvent profondément modifier l’équilibre des communautés microbiennes intestinales et favoriser la sélection de bactéries résistantes. Nous avons étudié l’impact du ceftiofur sur le microbiote fécal de veaux exposés à un cocktail de souches d’Escherichia coli résistantes. Des approches complémentaires de métagénomique shotgun et de séquençage ‘Single Cell’ ont permis de caractériser ces modifications sur 35 jours. Le traitement antibiotique a entraîné des différences importantes de richesse et de structure des communautés microbiennes. Plusieurs groupes bactériens associés notamment à la nutrition et à la santé des animaux ont également été affectés. Chez les veaux traités, nous avons observé une augmentation progressive de plusieurs gènes de résistance aux β-lactamines. Ces gènes semblent notamment être portés par des bactéries du microbiote appartenant aux Muribaculaceae. À l’inverse, certains facteurs de virulence ont diminué au cours du suivi chez les animaux exposés au ceftiofur. Le séquençage ‘Single Cell’ a par ailleurs révélé la présence de gènes de résistance aux macrolides dans des bactéries du genre Clostridium. Ces résultats montrent que l’antibiothérapie peut remodeler simultanément la composition et le potentiel fonctionnel du microbiote intestinal des veaux, avec des implications pour la résistance aux antimicrobiens et la santé animale.