2025

Le COST INFOGUT CA23110 - Réseau scientifique international sur les modèles in vitro coliques simulant les interactions médiées par le microbiote intestinal (INFOGUT) - est un réseau de collaborateurs académiques, industriels et d’agences règlementaires, financé depuis octobre 2024 par l’Union Européenne, pour une durée de 4 ans. Le réseau est coordonné par l’Université de Bologne (Italie, Pr. Andrea Gianotti) et co-coordonné par l’Université Clermont Auvergne (France, UMR 0454 MEDIS UCA-INRAE, Pr. Stéphanie Blanquet-Diot). Le réseau rassemble aujourd’hui plus de 400 participants, experts en gastro-entérologie, microbiologie, physiologie, nutrition, science des aliments, biochimie, bioinformatique et biotechnologies, provenant de près de 40 pays européens. Dans un contexte européen de réduction de l’utilisation des animaux à des fins de recherche (3R), l’objectif du réseau COST INFOGUT est d’harmoniser les modèles in vitro reproduisant le microbiote, mais aussi d’étendre leurs potentiels (différents compartiments digestifs, prise en compte des interactions avec l’hôte, situation saine et pathologique), afin de proposer des méthodes fiables et robustes pour l’évaluation de composés d’intérêt en nutrition et santé humaine et animale.

Un nombre croissant de personnes en bonne santé adoptent un régime alimentaire sans gluten sans aucune indication médicale, alors que la preuve des bienfaits d'un tel régime chez ces personnes restent encore à démontrer. Notre objectif était d'évaluer si un régime pauvre en gluten suivi sur une période prolongée, pouvait influencer la composition et le fonctionnement du microbiote intestinal chez les adultes sains, connaissant le lien étroit existant entre microbiote intestinal et santé de l'hôte. Quarante volontaires en bonne santé consommant du gluten dans leur alimentation habituelle ont été inclus dans un essai contrôlé randomisé comprenant deux périodes successives de 8 semaines d'intervention alimentaire avec un régime pauvre en gluten. Après chaque période de 8 semaines, la composition du microbiote intestinal a été déterminée (séquençage haut débit du gène ARNr 16S, quantification par qPCR, cultures) et sa capacité métabolique a été évaluée (dosage des métabolites fermentaires fécaux par RMN). Un régime pauvre en gluten suivi sur une période prolongée réduit la richesse du microbiote intestinal et diminue l'abondance relative d'espèces bactériennes présentant des bienfaits potentiels pour la santé (expl Akkermansia muciniphila, Bifidobacterium sp, espèces dégradant les polysaccharides de la paroi cellulaire végétale). Ces modifications s'accompagnent de l'augmentation de la concentration fécale d’un métabolite microbien intermédiaire, l'éthanol. En conclusion, un régime pauvre en gluten suivi sur une durée de 4 mois a considérablement modifié la composition et le métabolisme fermentaire du microbiote intestinal chez des individus en bonne santé, engendrant un profil dysbiotique du microbiote précédemment associé à des effets néfastes pour la santé.

La prolifération cyclique du rongeur fouisseur sauvage Arvicola terrestris scherman est un sujet d’inquiétude dans les écosystèmes de moyenne montagne au sein de plusieurs pays européens. Les moyens de lutte actuels sont basés notamment sur l’utilisation de substances chimiques, provoquant des dommages collatéraux importants sur les prédateurs des campagnols et les animaux partageant leur écosystème. ÉTUDE L’objectif du projet Contracamp (2018-2024) est de développer une stratégie alternative, basée sur une vaccination contraceptive, de manière à limiter la fertilité des campagnols. La première étape a consisté en l’identification des antigènes présents sur les spermatozoïdes des campagnols et capables de déclencher une réaction immunitaire à la fois chez les mâles et les femelles. PERSPECTIVES Les travaux en cours consistent à évaluer la capacité de petits peptides (sélectionnés à partir des protéines immunogènes identifiées les plus intéressantes, et ayant une séquence spécifique d’A. terrestris) à déclencher la réponse immune et à interférer de manière efficace avec les processus normaux de la fécondation. Le crible a permis de réduire les candidats à cinq peptides, dont trois sont en cours d’évaluation en association. En parallèle, une forme d’appât compatible avec l’immunisation par voie orale a été développée. Son efficacité, testée en animalerie, est prometteuse : elle altère les caractéristiques reproductives des campagnols terrestres mâles.

La 14ème édition de l'International Gut Microbiology Symposium (IGMS), co-organisée depuis 1997 par Inrae et le Rowett Institute for Nutrition and Health ( University of Aberdeen, UK) et depuis 2021 avec l’Université Clermont-Auvergne, s'est tenue à Clermont-Ferrand (La Comédie de Clermont-Ferrand), du 3 au 5 juin 2025. Ce symposium, organisé tous les 2 ans alternativement à Clermont-Ferrand (France) et à Aberdeen (Ecosse), permet de réunir les scientifiques français et étrangers du monde académique et industriel, spécialisés dans l'étude du microbiote digestif de l'homme et de l'animal, et de son rôle dans la nutrition et la santé de l'hôte ainsi que sur l'environnement. L’édition 2025 de ce symposium a rassemblé 210 scientifiques provenant de 27 pays. Le programme scientifique a permis de faire le point sur les avancées récentes concernant le rôle des microorganismes intestinaux sur la santé, le climat et l'environnement, l'impact du régime alimentaire sur la symbiose hôte-microorganismes digestifs, les nouvelles approches pour étudier le microbiote intestinal ainsi que les nouvelles biothérapies issues des recherches sur microbiote (https://gutmicrobiology-2025.symposium.inrae.fr).

Les Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines ou STEC sont des pathogènes majeurs d'origine alimentaire pouvant engager le pronostic vital des personnes contaminées, notamment des jeunes enfants. Les interactions entre les STEC et le microbiote intestinal de l’enfant ne sont encore que très peu décrites pour des raisons évidentes de contraintes expérimentales et éthiques. Dans le cadre d’un projet ECOS Sud Action France-Chili, nous avons évalué à l’aide d’un modèle in vitro du côlon de l’enfant les interactions entre la souche de référence EHEC O157:H7 EDL 933 et le microbiote intestinal, lorsque les fermenteurs sont inoculés avec des échantillons de selles provenant d’enfants (i) atteints de diarrhées associées aux STEC ou (ii) après leur rétablissement. Ces données sont précieuses afin de mieux comprendre le rôle du microbiote intestinal dans la physiopathologie des infections à STEC et nécessaires pour le développement de nouvelles stratégies de prévention ou de traitement basées sur des approches de modulation du microbiote, comme des probiotiques, prébiotiques, post-biotiques ou encore des extraits végétaux.

Une étude métagénomique (séquençage shotgun) a été menée à la ferme expérimentale INRAE de Saint-Genès-Champanelle (63122) afin de comparer les microbiomes intestinaux des bovines (feces) et du tractus intestinal de mouches muscides coprophages (Neomyia cornicina) collectées à proximité immédiate des déjections animales. En outre de taxons, facteurs de virulence (VFs) et gènes de résistance aux antimicrobiens (ARGs) communs partagés entre les fèces et les mouches, une abondance plus forte de certains pathogènes, VFs ou ARGs dans les mouches a pu être mise en évidence dans plusieurs cas. Des génomes de pathogènes zoonotiques (Escherichia coli, Shigella, Coxiella) ont été identifiés dans les deux milieux, suggérant un transfert de ces microorganismes. Cette étude montre que les mouches représentent un vecteur de transmission sous-estimé dans la dissémination de pathogènes zoonotiques et de résistances aux antibiotiques sur les exploitations laitières, avec des enjeux pour la santé humaine, animale, l’environnement et les pratiques de gestion des exploitations.