L’antibiothérapie remodèle le microbiote intestinal des veaux
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2026
L’antibiothérapie remodèle le microbiote intestinal des veaux

L’antibiothérapie remodèle le microbiote intestinal des veaux

Les antibiotiques peuvent profondément modifier l’équilibre des communautés microbiennes intestinales et favoriser la sélection de bactéries résistantes. Nous avons étudié l’impact du ceftiofur sur le microbiote fécal de veaux exposés à un cocktail de souches d’Escherichia coli résistantes. Des approches complémentaires de métagénomique shotgun et de séquençage ‘Single Cell’ ont permis de caractériser ces modifications sur 35 jours. Le traitement antibiotique a entraîné des différences importantes de richesse et de structure des communautés microbiennes. Plusieurs groupes bactériens associés notamment à la nutrition et à la santé des animaux ont également été affectés. Chez les veaux traités, nous avons observé une augmentation progressive de plusieurs gènes de résistance aux β-lactamines. Ces gènes semblent notamment être portés par des bactéries du microbiote appartenant aux Muribaculaceae. À l’inverse, certains facteurs de virulence ont diminué au cours du suivi chez les animaux exposés au ceftiofur. Le séquençage ‘Single Cell’ a par ailleurs révélé la présence de gènes de résistance aux macrolides dans des bactéries du genre Clostridium. Ces résultats montrent que l’antibiothérapie peut remodeler simultanément la composition et le potentiel fonctionnel du microbiote intestinal des veaux, avec des implications pour la résistance aux antimicrobiens et la santé animale.

Contexte et enjeux

L’utilisation des antibiotiques en élevage peut perturber le microbiote intestinal et favoriser la sélection de bactéries résistantes. Comprendre ces effets est essentiel pour mieux évaluer les conséquences de l’antibiothérapie sur la santé animale et la diffusion de l’antibiorésistance.

Résultats

Nous avons montré que l’administration de céftiofur à des veaux exposés à des souches d’Escherichia coli résistantes entraîne une modification importante de la diversité et de la structure du microbiote fécal. Le traitement s’accompagne notamment d’une augmentation de plusieurs gènes de résistance aux β-lactamines, tandis que certains facteurs de virulence diminuent. Le séquençage unicellulaire a permis d’identifier les microorganismes porteurs de certains de ces gènes.

Perspectives

Ces résultats ouvrent des perspectives pour mieux comprendre les interactions entre antibiothérapie, microbiote intestinal et dynamique de l’antibiorésistance, et pour identifier les microorganismes susceptibles de contribuer à la persistance ou à la dissémination des gènes de résistance.

Valorisation

Publication scientifique dans msystems, avec une approche combinant métagénomique shotgun et séquençage 'Single Cell' pour caractériser les conséquences de l’antibiothérapie sur le microbiote intestinal des veaux.

Sommer AJ, Ferrandis-Vila M, Mamerow S, Berens C, Menge C, Wei S, Wang Q, Aarestrup FM, Otani S, Sapountzis P. 2026. Impact of ceftiofur administration and Escherichia coli inoculation on the calf fecal microbiome. mSystems11:e00501-26. https://doi.org/10.1128/msystems.00501-26

Date de création : 01 octobre 2026 | Rédaction : sd