Training School organisée dans le cadre du COST INFOGUT
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2026
Training School organisée dans le cadre du COST INFOGUT

Training School organisée dans le cadre du COST INFOGUT

Dans le cadre du réseau européen COST INFOGUT (CA23110), l’unité MEDIS (UMR454 Université Clermont Auvergne – INRAE) organise en collaboration avec le laboratoire CMET de l’Université de Gand en Belgique (partenaire privilégié de MEDIS dans le cadre du laboratoire international associé HOMIGUT), les 30 septembre et 1er octobre 2026 une training school portant sur les modèles in vitro dynamiques de l’environnement digestif humain. La formation se tiendra au sein de l’unité MEDIS, sur le site des Facultés de Médecine et de Pharmacie de Clermont-Ferrand. Elle réunira une vingtaine de jeunes chercheurs de plus de 15 pays différents et plus d’une centaine d’autres pourront suivre l’évènement en ligne. Des spécialistes internationaux du microbiote intestinal et des modèles in vitro de l’environnement digestif rejoindront également le personnel de MEDIS (14 personnes seront mobilisées pour la formation) pour assurer une formation aussi pertinente et pluridisciplinaire que possible. Les matinées seront dédiées à des présentations autour des modèles in vitro intégrant le microbiote, notamment au niveau de l’intestin grêle, en situation physiologique comme pathologique, avec un focus sur les différentes populations composant ce microbiote (bactéries, archées, champignons). Les après-midis seront dédiées à des sessions pratiques autour des modèles comme le TIM, ESIN, ARCOL, ARILE, SHIME ou encore les minibioréacteurs de l’unité

Contexte et enjeux

Le COST Action INFOGUT (CA23110) est un réseau scientifique européen (octobre 2024-octobre 2028) visant à harmoniser, développer et promouvoir les modèles in vitro du tractus digestif intégrant le microbiote intestinal, comme alternative à l'expérimentation animale. Ce réseau coordonné par Andrea Gianotti de l’Université de Bologne en Italie (chair) et Stéphanie Blanquet-Diot de l’UMR MEDIS (vice-chair) rassemble aujourd’hui près de 700 membres de 50 pays différents. Cinq groupes de travail constituent ce réseau
WG 1 : Revue des modèles in vitro du côlon humain et animal et harmonisation des protocoles
WG2 : Extension des modèles à d'autres compartiments que le côlon (cavité orale et intestin grêle) et interactions avec l'hôte 
WG 3 : Extension des modèles in vitro aux situations pathologiques
WG 4 : Gestion des données omiques issues des modèles in vitro
WG 5 : Réglementation, formation, transfert de technologie et dissémination des résultats

Résultats

Programme des presentations scientifiques (matinées)

  • From Infogest to dynamic in vitro models of the upper digestive tract – towards the challenge of introducing small intestinal microbiota
  • Anaerobiosis in the human gut: non-bacterial fractions: focus on archea and fungi
  • Mucus in the human gut and its integration in in vitro gut models
  • From static microbiome cultures to dynamic gut simulators: in vitro models of the lower gastrointestinal tract and their multi-omics applications
  • High throughput models of the human colon - MBRA and Colon-on-a-plate®
  • In vitro gut models mimicking diseased situations: the example of obesity
  • In vitro gut models mimicking diseased situations: the example of IBD
  • Linking gut microbiota perturbations to health-relevant regulatory endpoints: role of AOP and IATA
  • Long-term in vitro gut models and microbiota immobilization - the example of PolyFermS
     

Programme des sessions pratiques (après-midi)

  • TIM, ESIN, Anaérobiose
  • SHIME, ARILE, ARCOL, Mini-fermenteurs

Perspectives

INFOGUT

Cette training school permettra d’augmenter le lisibilité internationale de MEDIS et ouvrira de nouvelles possibilités de collaborations académiques et industrielles. Elle renforcera également le positionnement du LIA HOMIGUT au niveau européen.


Valorisation

Ces deux journées seront valorisées par des publications sur les réseaux sociaux, sur les sites internet du COST INFOGUT et du LIA HOMIGUT, sur les sites internets de l’Université, de l’INRAE et de l’Institut SVSAE et devraient être couverts par des articles dans la presse locale

Référence bibliographique

Laure-Alix Clerbaux, Lorenzo Nissen, Pilar Acedo, Thomas Hitch, Enrique Carillo, Eliana Ibrahimi, Alise Ponsero, Harsh Mathur, Clarisse Nobre, Anthony Buckley, Jaroslav Havlik, Sabrina Tamburini, Lucie Etienne-Mesmin, Lidia Tomas, Jonatan Gomez-Raja, Stephanie Blanquet-Diot, Andrea Gianotti. INFOGUT - International Networking on In Vitro Colon Models Simulating Gut Microbiota-Mediated Interactions - 1st Annual Meeting. ALTEX, 2026;43(3):519-522. doi: 10.14573/altex.2604271.

Date de modification : 01 octobre 2026 | Date de création : 01 octobre 2026 | Rédaction : SD