L’éthanolamine (EA) est naturellement issue du catabolisme lipidique. Elle représente ainsi une source potentielle de carbone et d’azote pour les bactéries du tube digestif. Cependant, assimiler l’EA passe par la formation d’acétaldéhyde toxique. Les bactéries gèrent cette toxicité en produisant des microcompartiments (BMCs Eut), mégastructures protéiques qui séquestrent l’acétaldéhyde puis favorisent sa conversion enzymatique.

ColiMATTERS vise à explorer la diversité phénotypique de souches commensales d’Escherichia coli issues du microbiote intestinal humain. Ces isolats présentent des capacités différentes à utiliser l’EA comme substrat pour la croissance : cela suggère des efficacités métaboliques contrastées de leurs BMCs Eut et/ou des régulations distinctes du métabolisme associé. Afin d’identifier les mécanismes sous-jacents, il s’agira ici de mesurer le flux d’assimilation d’EA ainsi que des produits qui en dérivent chez plusieurs souches représentatives de la diversité. Les dynamiques d’expression de l’opéron eut - codant pour les BMCs Eut - seront aussi finement caractérisées en combinant l’utilisation de rapporteurs transcriptionnels et traductionnels. Le projet offrira ainsi une meilleure compréhension des hétérogénéités liées à l’assimilation d’EA, la production de BMCs Eut et leur déterminisme chez E. coli.

PARTENAIRE

Toulouse Biotechnology Institute, Toulouse, France (coordinateur)

FINANCEMENT

Projet INRAE MICA