Ce projet repose sur une approche basée sur la biologie des systèmes en exploitant les modèles de recherche in vivo et in vitro existant dans les laboratoires du consortium combinés à la phagéomique, la métabolomique et la bioinformatique pour générer des données multi-omiques. Ce projet permettra à terme l'identification de probiotiques de nouvelle génération qui peuvent protéger contre ces multiples agents infectieux. 

OBJECTIFS

L’objectif de COL_RES dans l’unité MEDIS visera à étudier le rôle du microbiote intestinal humain dans la résistance aux Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) lors de deux situations perturbées (antibiothérapie et alimentation de type Western Diet). Le travail visera à identifier les principales espèces commensales nécessaires à la résistance à la colonisation contre les EHEC en utilisant un modèle in vitro reproduisant l’environnement colique de l’Homme : le modèle ArCOL (Artificial COLon). Ce modèle unique en France intègre les principaux paramètres abiotiques (pH, temps de transit, anaérobiose) et biotiques (microbiote intestinal luminal et associé au mucus) de l’environnement colique humain. Les conséquences d’une infection par les EHEC sur le microbiote intestinal seront caractérisées finement par des approches de séquençage haut-débit et de métabolomique. A plus long terme, ce modèle in vitro permettra de tester l'application de stratégie prophylactique et/ou thérapeutique pour protéger contre les infections à EHEC.

PARTENAIRES

• UNIVERSITY COLLEGE CORK, Cork, Ireland
• CHARITE – UNIVERSITAETSMEDIZIN BERLIN, Germany
• FUNDACIO EURECAT, Barcelona, Spain
• IMPERIAL COLLEGE OF SCIENCE TECHNOLOGY & MEDICINE, London, United Kingdom
• ETH, Zurich, Switzerland

FINANCEMENT

European commission Horizon H2020 Innovative Training Network (ITN) Marie Skłodowska-Curie Actions programme