METAPROGRAMME MEM / HOLOFLUX

Projet DREAM (Deciphering the Rumen Ecosystem by Advanced Modelling) et thèse Ibrahim Fakih (cofinancement Holoflux-société Lallemand Animal Nutrition)

Compréhension au niveau systémique des interactions microbiennes et des fermentations ruminales.

Le microbiote ruminal joue un rôle déterminant dans la nutrition du ruminant en dégradant et transformant les polyosides pariétaux des plantes en acides gras à chaine courte, sources d’énergie pour l’animal. Les progrès des technologies omiques ont permis une description de la composition du microbiote ruminal et de son potentiel génomique.

Le projet DREAM (2018-2020) vise à améliorer notre compréhension du fonctionnement du rumen à l’échelle systémique, en développant une approche multidisciplinaire intégrant une caractérisation du métabolisme microbien à l’aide d’approches omiques, et le développement de modèles GEM (Genome Scale Metabolism) de microbes du rumen.

Ce projet est poursuivi par une thèse (nov 2019-nov 2022), qui bénéficie d’un co-financement métaprogramme Holoflux / Société Lallemand. Les interactions microbiennes sont étudiées in vitro à l’aide de mini consortia composés de microorganismes représentant les grandes fonctions du rumen. Ces mini consortia seront caractérisés par analyses transcriptomiques et du métabolome ainsi que par la modélisation des réseaux métaboliques. Une analyse des interactions entre microorganismes choisis du rumen et une levure probiotique, utilisée comme additif alimentaire chez les ruminants, sera également réalisée.

Partenaires :

• INRAE- UMR MEDIS
• INRAE- UMR MoSAR, AgroParisTech
• INRAE- UMR Herbivores, Theix
• INRAE- GenoToul, Toulouse
• CNRS-INRIA- UMR IRISA, Rennes
• Société Lallemand